Sau Hiệp định Pereyaslav năm 1654, Quân đoàn Zaporozhia trở thành thế lực nằm dưới quyền bảo hộ của Sa hoàng Nga, mặc dù họ được hưởng quyền tự trị gần như hoàn toàn trong một khoảng thời gian đáng kể. Sau khi Bohdan Khmelnytsky mất vào năm 1657, người kế vị của ông là Ivan Vyhovsky bắt đầu hướng về Ba Lan, do lo ngại trước việc Nga ngày càng can thiệp vào các công việc của Quốc gia hetman. Một nỗ lực đã được thực hiện để quay về Thịnh vượng chung gồm ba thành phần cấu thành, với việc người Cossack Zaporozhia gia nhập Thịnh vượng chung Ba Lan-Litva bằng cách ký Hiệp định Hadiach (1658). Hiệp định đã được Sejm phê chuẩn nhưng đã bị các chiến sĩ Cossack từ chối tại Hermanivka Rada bởi vì họ không chấp nhận liên minh với Ba Lan Công giáo, thế lực mà họ cho là kẻ áp bức Cơ đốc giáo Chính thống. Những người Cossack tức giận đã hành quyết các polkovnik Prokip Vereshchaka và Stepan Sulyma, là cộng sự của Vyhovsky tại Sejm, và bản thân Vyhovsky thoát chết trong gang tấc.[18]

Người Zaporozhia duy trì một chính phủ phần lớn tách biệt với Quốc gia hetman. Người Zaporozhia bầu ra các nhà lãnh đạo của riêng họ, được gọi là Kish otaman, có nhiệm kỳ một năm. Trong thời kỳ này, xích mích giữa người Cossack của Quốc gia hetman và người Zaporozhia ngày càng leo thang.

Người Cossack trong quá khứ từng chiến đấu để giành độc lập khỏi Thịnh vượng chung Ba Lan-Litva, và sau đó họ tham gia vào một số cuộc nổi dậy chống lại Sa hoàng, vì sợ mất các đặc quyền và quyền tự trị của mình.[19][20] Ví dụ vào năm 1709, Quân đội Zaporozhia do Kost Hordiienko lãnh đạo đã tham gia cùng Hetman Ivan Mazepa chống lại Nga. Mazepa trước đây là cố vấn đáng tin cậy và là bạn thân của Sa hoàng Pyotr Đại đế, nhưng lại liên minh với Karl XII của Thụy Điển để chống lại Pyotr.[6][21] Sau thất bại trong Trận Poltava, Pyotr đã ra lệnh tiêu diệt Sich Zaporozhia để trả đũa.

Với cái chết của Mazepa tại Bessarabia vào năm 1709, hội đồng của ông đã bầu Pylyp Orlyk làm người kế vị. Orlyk ban hành dự án Hiến pháp, trong đó ông hứa sẽ hạn chế quyền lực của Hetman, bảo vệ vị trí đặc quyền của người Zaporozhia, thực hiện các biện pháp nhằm đạt được bình đẳng xã hội giữa họ, và các bước tiến tới việc tách Quân đoàn Zaporizhia khỏi Nhà nước Nga— nếu anh ta có được quyền lực trong Quốc gia hetman Cossack. Với sự hỗ trợ của Karl XII, Orlyk đã liên minh với người Tatar Krym và Ottoman để chống lại Nga, nhưng sau những thành công ban đầu của cuộc tấn công vào Nga năm 1711, chiến dịch của họ đã bị đánh bại và Orlyk phải sống lưu vong.[22][23] Người Zaporozhia đã xây dựng một Sich mới dưới quyền bảo hộ của Ottoman, là Sich Oleshky trên hạ lưu sông Dnepr.

Mặc dù một số người Zaporozhia đã quay trở lại quyền bảo hộ của Nga, nhưng nhà lãnh đạo nổi tiếng của họ Kost Hordiienko kiên quyết có thái độ chống Nga và không thể nối lại tình hữu nghị cho đến khi ông qua đời vào năm 1733.[6][24]